论文查重合格率计算方法主要包括利用查重软件进行全文比对、对比同行文献进行相似度分析、使用特定算法计算重复率等。其中，常用的查重工具有Turnitin、iThenticate、CrossCheck等，通过这些工具可以对论文进行全文比对，检测出文本中的相似度和重复率。同时，也可以通过比对同行文献来进行相似度分析，评估论文的原创性。另外，一些特定的算法如Jaccard相似系数、余弦相似度等也可以用来计算重复率，帮助评估论文的查重合格率。

在进行论文查重合格率计算时，研究者还可以结合多种方法进行综合评估。除了利用查重软件和算法进行定量分析外，也可以结合人工审查和专家评议，从多个角度全面评估论文的原创性和查重情况。此外，还可以采用多种查重工具进行交叉验证，提高查重结果的准确性和可信度。综合利用各种方法和工具，可以更全面地了解论文的查重合格率，确保学术研究的质量和可信度。